La limpieza reduce el número de bacterias en las superficies, pero no elimina todos los tipos de bacterias. La desinfección de las superficies 30 minutos antes del siguiente ordeño destruye casi todos los organismos persistentes, si: (1) la solución desinfectante usada es de suficiente efectividad, y (2) una limpieza profunda precede a la desinfección.

La limpieza inadecuada resulta en residuos que pueden proteger a bacterias de la desinfección. Algunos desinfectantes pierden efectividad con el tiempo de almacenaje (compuestos de cloro) o el aumento de pH (compuestos de cloro y yodo). Algunos son inestables a temperaturas superiores a 120°F (compuestos de yodo), mientras que otros no son compatibles con agua dura (componentes cuaternarios de amoniaco).